نظام تنفيذ خطة التعافي هو مجموعة من الوثائق الإدارية التي تحدد كيفية تنفيذ الخطة – من الذي يعلن عن الدعوات لتقديم الطلبات، وكيف يتم تقييم الطلبات، وكيف تتم عمليات الدفع والرقابة والتغييرات واسترداد الأموال. ومن الأهمية بمكان معرفة أن هذه القواعد لا تنص عليها قانون واحد كما هو الحال مع الصناديق الأوروبية، بل ترد تحديدًا في هذه الوثائق التي تصدرها الهيئة التنسيقية وتُستكملها أدلة إرشادية خاصة بكل جهة منفذة. وهذا يعني أن على مقدم الطلب التزامين: العمل بالنسخة الحالية من الدليل، التي تتغير خلال مرحلة التنفيذ، واحترام مبدأ أن النص الساري وقت إجراء العملية المعنية هو الذي يسود في حالة وجود تعارض. يتم نشر التغييرات التي تطرأ على الوثائق، ومن المفيد متابعتها تمامًا مثل متابعة الدعوات نفسها.
انظر أيضًا: الجهة المنفذة لخطة الإنعاش، نظام الإدارة المالية.