Systém implementácie plánu obnovy je súbor riadiacej dokumentácie, ktorý určuje, ako sa plán vykonáva – kto vyhlasuje výzvy, ako sa hodnotia žiadosti, ako prebiehajú platby, kontroly, zmeny a vymáhanie prostriedkov. Kľúčové je vedieť, že tieto pravidlá nie sú upravené v jednom zákone ako pri eurofondoch, ale práve v tejto dokumentácii, ktorú vydáva koordinačný orgán a dopĺňajú ju vlastné príručky jednotlivých vykonávateľov. Pre žiadateľa to znamená dve povinnosti: pracovať s aktuálnou verziou príručky, ktorá sa počas realizácie mení, a rešpektovať, že pri rozpore rozhoduje znenie platné v čase daného úkonu. Zmeny dokumentácie sa zverejňujú a oplatí sa ich sledovať rovnako ako samotné výzvy.
Pozri aj: vykonávateľ plánu obnovy, systém finančného riadenia.
