Synergia zdrojov znamená kombinovanie viacerých programov a nástrojov tak, aby spoločne prispeli k jednému zámeru. Firma môže napríklad financovať vývoj z výskumného programu, zavedenie výroby z investičnej výzvy a vzdelávanie zamestnancov zo sociálneho fondu, prípadne doplniť zvýhodnený úver. Podmienkou je jednoznačné oddelenie výdavkov: tá istá položka nesmie byť uhradená dvakrát, čo je zakázané dvojité financovanie s prísnymi následkami. V praxi to znamená viesť oddelenú analytickú evidenciu pre každý zdroj a vedieť pri kontrole preukázať, ktorý výdavok patrí kam. Zámer sa oplatí naplánovať ako celok vopred, pretože dodatočné rozdelenie už realizovaného projektu medzi zdroje býva neuskutočniteľné. Poskytovateľovi sa navyše musí existencia ďalších zdrojov oznámiť, aj keď sa výdavky neprekrývajú.
Pozri aj: dvojité financovanie, kombinácia dotácie a úveru, analytická evidencia projektu.
