Analytická evidencia projektu je povinnosť viesť účtovníctvo tak, aby sa výdavky projektu dali kedykoľvek jednoznačne oddeliť od ostatnej činnosti prijímateľa. V praxi sa rieši samostatnými analytickými účtami, strediskom alebo zákazkou v účtovnom softvéri, prípadne kombináciou. Cieľom je preukázateľná stopa, ktorá umožní kontrolórovi prejsť cestu od sumy vykázanej v žiadosti o platbu cez konkrétny účtovný zápis a faktúru až k bankovému výpisu a dodanému plneniu. Súčasťou býva aj označovanie originálov účtovných dokladov názvom a kódom projektu, aby ten istý doklad nemohol byť použitý druhýkrát. Nesprávne alebo chýbajúce oddelenie evidencie kontrola nepovažuje za drobnú formalitu – bez preukázateľného priradenia výdavku k projektu ho môže vyhodnotiť ako neoprávnený a krátiť. Systém evidencie preto nastavte s účtovníkom hneď po podpise zmluvy o NFP, nie až pred prvou žiadosťou o platbu.
Pozri aj: dvojité financovanie, žiadosť o platbu (ŽoP), oprávnené výdavky.
