Konflikt záujmov je situácia, keď osoby zapojené do prípravy, hodnotenia alebo realizácie projektu majú osobný, rodinný, ekonomický alebo iný spoločný záujem, ktorý ohrozuje ich nestrannosť a nezávislosť. V praxi eurofondov sa najčastejšie rieši pri verejnom obstarávaní – neprípustné je napríklad majetkové či personálne prepojenie medzi prijímateľom a uchádzačom, účasť osoby pripravujúcej súťažné podklady na strane dodávateľa alebo rodinné väzby členov komisie na štatutárov uchádzačov. Konflikt záujmov sa posudzuje aj u odborných hodnotiteľov žiadostí a zamestnancov poskytovateľa. Zistený a neriadený konflikt záujmov vedie k finančnej korekcii spravidla 100 % hodnoty zákazky a môže napĺňať aj skutkovú podstatu trestného činu machinácií pri verejnom obstarávaní. Prevenciou je mapovanie prepojení cez registre, čestné vyhlásenia všetkých zúčastnených osôb, vylúčenie dotknutej osoby z rozhodovania a písomné zdokumentovanie prijatých opatrení, ktoré prijímateľ predloží pri kontrole obstarávania.
Pozri aj: verejné obstarávanie v projektoch EÚ, finančná korekcia.