Zmena projektu je formálny proces úpravy schválených parametrov projektu počas jeho realizácie, ktorý sa iniciuje žiadosťou o zmenu podanou cez systém ITMS21. Zmeny sa členia podľa závažnosti: menej významné zmeny, napríklad formálne úpravy či presuny medzi rozpočtovými položkami do stanoveného percenta, stačí poskytovateľovi oznámiť, zatiaľ čo významnejšie zmeny, posun harmonogramu, úprava aktivít, zníženie merateľných ukazovateľov či zmena miesta realizácie, vyžadujú predchádzajúci súhlas poskytovateľa a spravidla aj dodatok k zmluve o poskytnutí NFP. Zásadne neprípustné sú zmeny, ktoré by menili charakter projektu natoľko, že by v pôvodnom hodnotení nezískal podporu, alebo by porušili podmienky výzvy. Žiadosť o zmenu treba podať vopred, nie dodatočne legalizovať už nastalý stav; realizácia zmeny bez súhlasu sa považuje za porušenie zmluvy s rizikom krátenia výdavkov. Včasná a dobre zdôvodnená komunikácia zmien s poskytovateľom patrí k základom projektového riadenia.
Pozri aj: zmluva o poskytnutí NFP.
