Zásobník náhradných projektov je zoznam žiadostí, ktoré splnili podmienky a dosiahli dostatočný počet bodov, no na ktoré sa v čase rozhodovania nedostala alokácia. Ak sa prostriedky uvoľnia – napríklad odstúpením schváleného prijímateľa, úsporou z verejného obstarávania alebo navýšením alokácie – poskytovateľ môže projekty zo zásobníka schváliť dodatočne v poradí podľa bodov. Pre žiadateľa to znamená, že rozhodnutie nemusí byť konečné, ale zároveň nastáva neistota: čakanie môže trvať mesiace a projekt sa medzitým nesmie začať realizovať, ak majú byť výdavky oprávnené. Odporúča sa počas tohto obdobia udržiavať platnosť povolení, cenových ponúk a súhlasov, aby bol projekt pri schválení pripravený. Rovnako sa oplatí u poskytovateľa priebežne overovať postavenie projektu v poradí.
Pozri aj: hodnotiace kolo výzvy, alokácia, oprávnené obdobie výdavkov.
