Archivácia projektovej dokumentácie je povinnosť prijímateľa uchovávať všetky dokumenty súvisiace s projektom aj dlho po jeho ukončení, aby bola možná spätná kontrola zo strany riadiaceho orgánu, orgánu auditu, Európskej komisie alebo Európskeho dvora audítorov. Uchovávať treba kompletný spis: žiadosť o NFP, zmluvu a jej dodatky, dokumentáciu z verejného obstarávania, zmluvy s dodávateľmi, faktúry a bankové výpisy, mzdové a dochádzkové podklady, prezenčné listiny, doklady o publicite, monitorovacie správy a korešpondenciu s orgánmi. Konkrétnu lehotu určuje zmluva o poskytnutí NFP a odvíja sa spravidla od ukončenia projektu alebo od vyplatenia záverečnej platby, pri štátnej pomoci býva dlhšia. Akceptovaná je aj elektronická podoba, ak je zaručená čitateľnosť a nezmeniteľnosť dokumentov. Strata dokumentácie sa posudzuje ako nepreukázanie výdavku so všetkými dôsledkami vrátane jeho vrátenia.
Pozri aj: kontrola na mieste, orgán auditu, udržateľnosť projektu.
