Zásobník projektov je zoznam žiadostí o NFP, ktoré v hodnotiacom procese splnili všetky podmienky a dosiahli požadovaný počet bodov, no z dôvodu vyčerpania alokácie výzvy na ne nezostali finančné prostriedky – hovorovo ide o projekty pod čiarou. Žiadosti v zásobníku nie sú zamietnuté; poskytovateľ ich môže dodatočne schváliť, ak sa uvoľnia zdroje navýšením alokácie výzvy, odstúpením úspešných žiadateľov od zmlúv, úsporami z verejných obstarávaní alebo presunom prostriedkov v rámci programu. Poradie v zásobníku sa riadi počtom bodov z odborného hodnotenia, preto sa aj pri obmedzenej alokácii oplatí maximalizovať kvalitu žiadosti. Čakanie však môže trvať mesiace až roky a žiadateľ naň nemá právny nárok, takže s projektom v zásobníku nemožno záväzne počítať vo finančnom plánovaní. Praktickou stratégiou je súbežne sledovať podobné výzvy a v prípade vyhlásenia novej výzvy zvážiť opätovné podanie aktualizovanej žiadosti.
