Rozpočet projektu je štruktúrovaný prehľad všetkých plánovaných výdavkov členený podľa skupín výdavkov, aktivít a rokov realizácie, ktorý tvorí povinnú súčasť žiadosti o NFP v systéme ITMS21. Každá položka musí byť priradená ku konkrétnej aktivite, vecne zdôvodnená a ocenená v súlade s princípom hospodárnosti – poskytovatelia ceny porovnávajú s benchmarkami, teda finančnými limitmi stanovenými vo výzve, a s prieskumom trhu, ktorý žiadateľ dokladá spravidla tromi cenovými ponukami. Nadhodnotené položky hodnotitelia krátia už pri odbornom hodnotení, čo znižuje príspevok bez možnosti kompenzácie. Dobrý rozpočet počíta aj s neoprávnenými výdavkami, ktoré treba kryť z vlastných zdrojov, s paušálom na nepriame výdavky a s finančnou rezervou na infláciu, keďže navyšovanie rozpočtu po podpise zmluvy je možné len výnimočne. Počas realizácie sa rozpočet mení žiadosťou o zmenu, pričom presuny medzi položkami do stanoveného percenta bývajú povolené bez dodatku.
