Vykonávateľ plánu obnovy je ministerstvo alebo iný ústredný orgán štátnej správy zodpovedný za realizáciu konkrétnych investícií a reforiem v rámci prideleného komponentu Plánu obnovy a odolnosti SR. Vykonávateľ vyhlasuje výzvy, uzatvára zmluvy s prijímateľmi, kontroluje realizáciu projektov a zodpovedá za splnenie míľnikov a cieľov, ktoré Slovensko vykazuje Európskej komisii. Medzi kľúčových vykonávateľov patrí Ministerstvo životného prostredia SR pre obnovu budov a dekarbonizáciu, Ministerstvo školstva pre vzdelávanie, Ministerstvo zdravotníctva pre nemocnice a Ministerstvo dopravy pre udržateľnú mobilitu. Časť úloh môžu vykonávatelia delegovať na sprostredkovateľov, napríklad Slovenskú agentúru životného prostredia pri programe Obnov dom. Celú implementáciu koordinuje Národná implementačná a koordinačná autorita (NIKA) na Úrade vlády SR. Pre žiadateľa je vykonávateľ hlavným partnerom – určuje podmienky výziev, poskytuje konzultácie a schvaľuje platby, preto sa oplatí sledovať jeho web a usmernenia.
