Orgán auditu je nezávislý útvar zodpovedný za audit systému riadenia a kontroly fondov EÚ; na Slovensku túto funkciu plní Ministerstvo financií SR prostredníctvom sekcie auditu a kontroly a spolupracujúcich audítorských jednotiek. Orgán auditu vykonáva systémové audity, ktoré preverujú fungovanie riadiacich a sprostredkovateľských orgánov, a audity operácií na štatistickej vzorke projektov, pri ktorých audítori priamo u prijímateľov overujú oprávnenosť výdavkov, verejné obstarávanie a plnenie podmienok zmluvy. Výsledky auditov vstupujú do ročného výročného stanoviska pre Európsku komisiu, ktorá na ich základe posudzuje spoľahlivosť čerpania v celej krajine – vysoká chybovosť môže viesť k plošnému pozastaveniu platieb pre program. Audit sa od bežnej kontroly líši hlbším rozsahom a tým, že jeho zistenia sú pre poskytovateľa záväzné a spätne vedú ku korekciám aj pri už schválených výdavkoch. Prijímateľ má povinnosť uchovávať kompletnú dokumentáciu projektu spravidla desať rokov práve pre potreby auditov.
