هيئة التدقيق هي وحدة مستقلة مسؤولة عن تدقيق نظام إدارة ومراقبة أموال الاتحاد الأوروبي؛ وفي سلوفاكيا، تضطلع وزارة المالية السلوفاكية بهذه المهمة من خلال قسم التدقيق والمراقبة ووحدات التدقيق المتعاونة. تُجري هيئة التدقيق عمليات تدقيق نظامية تهدف إلى التحقق من أداء الهيئات الإدارية والوسيطة، بالإضافة إلى عمليات تدقيق للعمليات على عينة إحصائية من المشاريع، حيث يتحقق المدققون مباشرةً لدى المستفيدين من مشروعية النفقات، والمشتريات العامة، والالتزام بشروط العقد. تُدرج نتائج عمليات التدقيق في التقرير السنوي المقدم إلى المفوضية الأوروبية، التي تُقيّم بناءً عليها موثوقية سحب الأموال على مستوى البلد بأكمله – حيث قد يؤدي ارتفاع معدل الأخطاء إلى تعليق المدفوعات للبرنامج بشكل شامل. ويختلف التدقيق عن المراجعة العادية في نطاقه الأعمق، وفي أن نتائجه ملزمة للممول وتؤدي إلى إجراء تصحيحات حتى على النفقات التي تمت الموافقة عليها بالفعل. يتعين على المستفيد الاحتفاظ بوثائق المشروع الكاملة لمدة عشر سنوات كقاعدة عامة، وذلك خصيصًا لتلبية متطلبات عمليات التدقيق.
