تعتبر ضريبة القيمة المضافة كنفقات مسموح بها مسألة تحدد ما إذا كان المشروع سيُدرج في الميزانية بمبالغ شاملة للضريبة أم خالية منها. والقاعدة الأساسية هي: لا تُعتبر ضريبة القيمة المضافة نفقة مسموح بها إلا إذا كان المستفيد غير قادر على استردادها بأي شكل من الأشكال، أي إذا لم يكن له الحق في خصمها. لذلك، عادةً ما يضع غير الخاضع لضريبة القيمة المضافة ميزانيته بالأسعار الشاملة للضريبة، بينما يخطط الخاضع للضريبة الذي يتمتع بحق كامل في الخصم الميزانية بالأسعار غير الشاملة للضريبة، ويقوم بتسوية ضريبة القيمة المضافة من خلال الإقرار الضريبي. وتكون الحالة أكثر تعقيدًا بالنسبة للكيانات التي تتمتع بحق نسبي في الخصم، والتي تطبق معاملًا – حيث يُسمح فقط بالجزء غير القابل للخصم. ويتم إثبات هذا الوضع من خلال إقرار، ويتم التحقق منه في سجل دافعي الضريبة. إذا أصبحت دافع ضرائب أو العكس خلال فترة التنفيذ، فإن هذا يعتبر تغييرًا يجب الإبلاغ عنه على الفور؛ وفي هذه الحالة، يتم عادةً استرداد ضريبة القيمة المضافة التي تم دفعها بالفعل.
انظر أيضًا: النفقات المؤهلة، ميزانية المشروع، ملحق عقد التمويل الوطني.