Účtovná funkcia je úloha v systéme riadenia fondov, ktorá zabezpečuje zostavovanie výkazov výdavkov a účtovnej závierky programu a ich predkladanie Európskej komisii. Na Slovensku ju vykonáva ministerstvo financií a v predchádzajúcich obdobiach sa pre ňu používal názov certifikačný orgán. Overuje úplnosť a správnosť výdavkov nahlásených riadiacim orgánom a zodpovedá za to, že sa Komisii nevykážu sumy, ktoré boli zistené ako nezrovnalosť. Pre prijímateľa nejde o orgán, s ktorým komunikuje priamo, jeho práca však ovplyvňuje rýchlosť tokov: až po predložení a schválení výkazu sa štátu vracajú prostriedky z rozpočtu únie. Pochopenie tohto reťazca vysvetľuje, prečo poskytovateľ trvá na bezchybnej dokumentácii k žiadosti o platbu.
Pozri aj: platobná jednotka, žiadosť o platbu, systém finančného riadenia.
