Certifikačný audit je posúdenie, po ktorom nezávislý certifikačný orgán rozhodne o vydaní certifikátu. Prebieha v dvoch fázach. V prvej sa preveruje dokumentácia a pripravenosť – rozsah systému, politiky, metodika rizík, plán interných auditov a záznam z preskúmania vedením; jej výstupom je zoznam toho, čo treba doplniť pred druhou fázou. V druhej fáze audítori prichádzajú do firmy, hovoria so zamestnancami a overujú, či systém reálne funguje a či existujú záznamy z bežnej prevádzky. Zistenia sa delia na príležitosti na zlepšenie, menšie a väčšie nezhody. Menšie nezhody sa riešia plánom nápravných opatrení, väčšie treba odstrániť pred vydaním certifikátu. Certifikát sa vydáva na trojročné obdobie, počas ktorého prebiehajú dozorné audity.
Pozri aj: dozorný audit, recertifikačný audit, akreditovaný certifikačný orgán.