Dotácie pre neziskové organizácie zahŕňajú podporu pre občianske združenia, neziskové organizácie poskytujúce všeobecne prospešné služby, nadácie a cirkevné subjekty. Zdroje sú rozmanitejšie než pri firmách: okrem programov financovaných z fondov EÚ a národných dotačných schém ministerstiev sem patria nadačné a firemné grantové programy, medzinárodné fondy, samosprávne dotácie, asignácia podielu zaplatenej dane a dary. Práve táto rozmanitosť prináša hlavné riziko – viaczdrojové financovanie jedného projektu vyžaduje dôsledné oddelenie výdavkov, aby ten istý náklad nebol vykázaný dvakrát. Druhým typickým problémom je financovanie prevádzky: väčšina grantov hradí projekty, nie chod organizácie, preto sa oplatí sledovať schémy, ktoré uznávajú aj režijné náklady formou paušálu.
Pozri aj: dvojité financovanie, paušálna sadzba, oprávnené výdavky.
