Zmena programu je úprava programového dokumentu, ktorou sa mení alokácia medzi prioritami, dopĺňajú alebo rušia opatrenia, upravujú ukazovatele alebo sa reaguje na nové okolnosti. Návrh pripravuje riadiaci orgán, prerokúva ho monitorovací výbor a schvaľuje Európska komisia, čo je proces trvajúci mesiace. Pre žiadateľov je podstatný z dvoch dôvodov. Po prvé, počas prípravy zmeny sa vyhlasovanie výziev v dotknutých oblastiach spravidla pozastaví a harmonogram sa posunie. Po druhé, zo schválenej zmeny sa dá vyčítať, kam sa podpora presúva a ktoré oblasti v ďalšom období posilnia. Návrhy zmien bývajú zverejnené na pripomienkovanie, takže sa dajú sledovať ešte pred ich schválením. Pri väčších investičných zámeroch sa preto oplatí sledovať nielen harmonogram výziev, ale aj pripravované revízie programu.
Pozri aj: preskúmanie v polovici obdobia, monitorovací výbor, finančný plán programu.
