Audit projektu je nezávislé overenie, či prijímateľ použil prostriedky v súlade so zmluvou a pravidlami programu. Vykonáva ho poskytovateľ, Európska komisia, Európsky dvor audítorov alebo externý audítor. Pri väčších projektoch programu Horizont Európa býva povinný certifikát o finančných výkazoch. Kontroly sa môžu uskutočniť aj niekoľko rokov po skončení projektu.
