Klastre sú tematické oblasti, do ktorých je členená hlavná časť programu Horizont Európa venovaná spoločenským výzvam a konkurencieschopnosti priemyslu. Pokrývajú zdravie, kultúru a spoločnosť, civilnú bezpečnosť, digitálne technológie a priemysel, klímu a mobilitu, energetiku, potraviny a prírodné zdroje. Každý klaster má vlastný pracovný program zverejňovaný spravidla na dva roky dopredu, v ktorom sú uvedené konkrétne témy výziev aj s očakávanými výsledkami a rozpočtom. Práve pracovný program je najdôležitejším dokumentom pre žiadateľa – umožňuje pripraviť konzorcium a zámer s ročným predstihom, nie až po vyhlásení výzvy. Návrhy tém sa navyše pripomienkujú vopred, takže odborné organizácie a firmy môžu ovplyvniť ich znenie.
Pozri aj: Horizont Európa, európske partnerstvá.