Kontrola v pláne obnovy má dve roviny. Prvou je overenie, či bol míľnik alebo cieľ skutočne splnený v deklarovanej podobe – to sa preukazuje dokumentmi, ktoré si vyžiadal vykonávateľ a v konečnom dôsledku Európska komisia. Druhou je štandardná kontrola hospodárnosti, oprávnenosti výdavkov, verejného obstarávania a ochrany finančných záujmov únie, teda predchádzania podvodom, korupcii, konfliktu záujmov a dvojitému financovaniu. Prijímateľ preto nemôže vychádzať z toho, že keď sa nepredkladajú faktúry Komisii, doklady netreba – naopak, musí ich uchovávať a na požiadanie predložiť počas celej lehoty archivácie. Nedostatky sa riešia krátením príspevku a v závažných prípadoch vrátením celej sumy aj s úrokom.
Pozri aj: organ auditu, archivácia projektovej dokumentácie, dvojité financovanie.
