Sprostredkovateľský orgán (SO) je ministerstvo, agentúra alebo iná inštitúcia, na ktorú riadiaci orgán písomnou zmluvou delegoval časť svojich úloh pri implementácii programu financovaného z fondov EÚ. V praxi sprostredkovateľské orgány vyhlasujú výzvy vo svojej vecnej oblasti, prijímajú a hodnotia žiadosti o NFP, uzatvárajú zmluvy s prijímateľmi, administrujú žiadosti o platbu a vykonávajú kontroly projektov. V Programe Slovensko 2021–2027 pôsobia ako SO napríklad Ministerstvo hospodárstva SR, Ministerstvo životného prostredia SR, Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR či Slovenská inovačná a energetická agentúra (SIEA). Pre žiadateľa je sprostredkovateľský orgán hlavným kontaktným bodom počas celého životného cyklu projektu – od konzultácie zámeru cez hodnotenie žiadosti až po monitorovanie udržateľnosti.
Pozri aj: riadiaci orgán (RO).