Chýbajúce hodnoty sú prázdne polia v dátach a spôsob, akým sa s nimi naloží, priamo ovplyvňuje výsledok analýzy. Zásadné je najprv zistiť dôvod chýbania: iné riešenie si žiada údaj, ktorý sa nezaznamenal náhodou, iné údaj, ktorý chýba systematicky pri určitej skupine, a iné situácia, keď prázdna hodnota v skutočnosti niečo znamená, napríklad nulový odber. Nahradenie prázdneho poľa nulou je najčastejšou a najškodlivejšou skratkou, pretože skreslí priemery aj súčty. Možnosťami sú vylúčenie neúplných záznamov, doplnenie typickou hodnotou alebo dopočet z iného zdroja, pričom každý zásah sa má zdokumentovať. V reportoch sa oplatí uvádzať, koľko záznamov bolo neúplných, aby čitateľ vedel posúdiť spoľahlivosť čísla.
Pozri aj: kvalita dát v analytike, validácia zozbieraných dát, normalizácia dát.