Napojenie e-shopu na podnikový alebo skladový systém odstraňuje ručné prepisovanie údajov medzi prostrediami. Typicky sa prenášajú produkty, ceny a stavy zásob smerom do e-shopu a objednávky, zákazníci a platby smerom späť. Prínosom je aktuálna dostupnosť tovaru, menej chýb a rýchlejšie vybavenie objednávky. Pri návrhu integrácie treba vyriešiť tri veci: ktorý systém je zdrojom pravdy pre jednotlivé údaje, ako často sa prenos vykonáva a čo sa stane pri zlyhaní – bez ošetrenia chýb sa objednávky tichšo stratia. Rovnako treba dohodnúť párovanie produktov medzi systémami, ktoré býva najnáročnejšou časťou. Integráciu sa oplatí najprv spustiť v obmedzenom rozsahu a rozširovať postupne. Do zmluvy s dodávateľom patrí aj to, kto integráciu udržiava po zmene verzie niektorého zo systémov.
Pozri aj: skladová evidencia a rezervácie, ETL a dátový tok, master data management.