Priorita programu je najvyššia úroveň členenia Programu Slovensko a združuje opatrenia s podobným tematickým zameraním – napríklad dopravu, životné prostredie, vzdelávanie, zamestnanosť alebo inovácie. Každá priorita má vlastnú alokáciu, je naviazaná na konkrétny fond a delí sa ďalej na špecifické ciele, z ktorých sa až následne odvodzujú jednotlivé výzvy. Toto členenie určuje, ktoré typy výdavkov sú vôbec možné a aká je miera spolufinancovania. Pre žiadateľa má orientácia v prioritách praktický zmysel pri plánovaní: ak zámer nezapadá do žiadneho špecifického cieľa, výzva pre neho nevznikne bez ohľadu na jeho kvalitu. Presuny prostriedkov medzi prioritami sú možné len zmenou programu, ktorú schvaľuje Európska komisia, preto sa dejú zriedka a s odstupom.
Pozri aj: špecifický cieľ programu, alokácia.
