Mzdové výdavky sú v mnohých projektoch najväčšou položkou rozpočtu a zároveň položkou, ktorú kontrola skúma najprísnejšie. Oprávnená je spravidla hrubá mzda alebo odmena vrátane odvodov zamestnávateľa, a to len v rozsahu, v akom zamestnanec skutočne pracoval na projekte. Práve tento rozsah preukazuje pracovný výkaz: dokument so zoznamom dní, počtom odpracovaných hodín a stručným, ale konkrétnym opisom vykonaných činností naviazaných na aktivity projektu, podpísaný zamestnancom aj nadriadeným. Formulácie typu „práca na projekte“ kontrola neuznáva. Ak zamestnanec pracuje na projekte len časťou úväzku alebo na viacerých projektoch naraz, súčet hodín naprieč všetkými zdrojmi nesmie prekročiť reálny fond pracovného času – prekrývajúce sa výkazy patria k najčastejším zisteniam. Podklady, teda pracovné zmluvy, náplne práce, výkazy, mzdové listy a doklady o úhrade, archivujte spolu.
Pozri aj: oprávnené výdavky, analytická evidencia projektu, dvojité financovanie.