Platobná jednotka je organizačná zložka ministerstva, ktorá zabezpečuje samotný prevod peňazí prijímateľovi po tom, čo riadiaci orgán schváli žiadosť o platbu. Reťazec vyzerá takto: prijímateľ predloží žiadosť o platbu s dokladmi, riadiaci alebo sprostredkovateľský orgán overí oprávnenosť výdavkov, schválenú sumu postúpi platobnej jednotke a tá vykoná úhradu z prostriedkov štátneho rozpočtu určených na spolufinancovanie aj z prostriedkov EÚ. Certifikačný orgán následne vykázané výdavky potvrdí voči Európskej komisii, ktorá ich refunduje do štátneho rozpočtu. Toto delenie rolí je zámerné – kto výdavok schvaľuje, ten ho neplatí. Pre prijímateľa z toho vyplýva praktický záver: lehota na vyplatenie začína plynúť až po schválení výdavkov, a najčastejšou príčinou zdržania nie je samotná platba, ale výzva na doplnenie chýbajúcich dokladov v predchádzajúcom kroku.
Pozri aj: žiadosť o platbu (ŽoP), refundácia, riadiaci orgán (RO).
