Priamo riadené programy spravuje Európska komisia a jej výkonné agentúry bez sprostredkovania národných orgánov. Patria k nim napríklad Horizont Európa, Kreatívna Európa, LIFE, Digitálna Európa alebo Nástroj na prepájanie Európy. Odlišujú sa v niekoľkých podstatných veciach: žiadosti sa podávajú v angličtine cez spoločný európsky portál, súťaží sa s uchádzačmi z celej únie, väčšina výziev vyžaduje medzinárodné konzorcium a hodnotenie vykonávajú nezávislí experti mimo Slovenska. Úspešnosť býva nižšia než pri národných výzvach, no rozpočty sú vyššie a podmienky často flexibilnejšie. Pre slovenské subjekty je najschodnejšou cestou vstup do projektu ako partner v konzorciu, ktoré vedie skúsená zahraničná organizácia, a až následne vlastné koordinátorstvo.
Pozri aj: zdieľané riadenie, konzorcium v európskom projekte.
